#!/bin/bash
#decompress the file(脚本可以解压173.sample,sample1,sample2里面的测序文件)
dir=$(ls *.gz)
for dirname in $dir
do		
		newdirname=$(echo $dirname | cut -d ":" -f1)     #获得完整的文件名
		dirname1=$(echo $newdirname | cut -b 1-9)        #取得压缩后的文件名(解压后的文件名除去了后缀.gz)
		dirname2=$(echo $dirname1 | cut -d "." -f1)     #取得文件名中不变动的一部分
		pigz -p $1 -d $newdirname         #利用$1给脚本传递参数，该参数在脚本中的意思为多好线程
		mv  $dirname1 $dirname2.fastq    #将文件名的后缀改为.fastq
done



